Kakao, mimo niewątpliwych walorów smakowych, jest silnym alergenem. Wiele osób jest uczulonych właśnie na tę substancję, co uniemożliwia spożywanie czekolady i innych przetworów, które są wykonywane właśnie z ziaren kakaowca. Na kakao jest uczulonych około 5% populacji na całym świecie, ale objawy pojawiają się najczęściej u małych dzieci. Po wypiciu kakao lub zjedzeniu czekolady, pojawiają się niekorzystne objawy, oznaczające alergię.
Zaburzenia skórne.
Są to między innymi zaburzenia skórne, zwłaszcza w przypadku osób, które mają równocześnie atopowe zapalenie skóry. Objawem alergii na kakao jest wysypka na skórze w tych partiach, która jest narażona na wysuszenie. Są to policzki oraz przedramiona i łokcie. Skóra staje się swędząca i napięta. Ponieważ objawy nie pojawiają się bezpośrednio po zjedzeniu kakao, czasem rodzice nie mogą ich powiązać właśnie z kakao. W przypadku wystąpienia takich objawów po spożyciu czekolady, nie ma pewności, że alergenem jest wyłącznie kakao, gdyż składa się ona z wielu alergenów.